Trong tái tổ hợp có sự sắp xếp lại và thậm chí cấu trúc lại một phần hoặc cả hệ gen (genome) của tế bào sống.
Có sự chuyển vị (translocation) của gen, thường là chuyển đổi vị trí một vài cụm gen hoặc cả một hay nhiều đoạn nhiễm sắc thể với nhiều gen.
Do đó, thường dẫn đến thay đổi lô-cut gen, thậm chí có phân tử ADN bị mất gen, trong khi có ADN khác lại được nhận thêm gen.[10]
Kết quả là dẫn đến phát sinh tổ hợp alen (allelic combination) mới.[11]
Tuy ngày nay các nhà khoa học đã phát hiện ra nhiều hình thức tái tổ hợp rất khác nhau, nhưng đặc điểm cơ bản là quá trình tái tổ hợp luôn dẫn đến sự thay đổi vật chất di truyền (ADN) của tế bào hoặc cơ thể có tái tổ hợp.
